Em 1562, por força de um levante armado que culminou em um ataque dos índios da Confederação dos Tamoios à vila deSão Paulo de Piratininga (atual cidade de São Paulo) e a outros núcleos de povoamento e colonização portuguesa, aCompanhia de Jesus instalou, entre agosto e setembro de 1562, postos de defesa e colonização avançados.

Itapecerica da Serra tem origem em uma aldeia de índios pacificados pelos Jesuítas provavelmente a 3 de setembro de1562 , sob a invocação de Nossa Senhora dos Prazeres, com o propósito de ser um posto avançado de colonização,catequização e de defesa contra ataques indígenas.

No século XVII, o núcleo da população indígena foi consideravelmente aumentado com a vinda dos indígenas trazidos da aldeia de Carapicuíba, trazidos pelo sertanista Afonso Sardinha e deixados sob a posse do Padre Belchior de Pontes para serem convertidos ao catolicismo.

Em 1689, a capela de Itapecerica contava com mais de novecentas almas sob a posse do padre Diogo Machado, daCompanhia de Jesus.

Em 1841, Itapecerica foi elevada à categoria de freguesia, tendo, como patrona, Nossa Senhora dos Prazeres e teve como primeiro vigário o padre Bento Pedroso de Camargo, nomeado por dom Manuel Joaquim Gonçalves de Andrade.

Fazia parte do território do antigo município de Santo Amaro, instalado em 7 de abril de 1833 quando separado de São Paulo.